Перевод статьи Science
На прошлой неделе журналисты поспешили сообщить о ранее нераскрытых генетических доказательствах того, что млекопитающие, продаваемые на оптовом рынке морепродуктов Хуанань в Ухане, Китай, — возможно, енотовидные собаки — могли вызвать пандемию COVID-19. Но, к огорчению исследователей, которые 14 марта конфиденциально сообщили о своих выводах консультативной группе Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ), новость появилась до того, как они закончили анализ данных, состоящих из последовательностей РНК и ДНК, собранных на рынке в начале 2020 года. Однако вчера они разместили свой полный 22-страничный отчет на сайте Zenodo, открытом хранилище научных исследований.
По мнению авторов доклада, 19 эволюционных биологов из шести стран, эти данные подтверждают теорию о том, что восприимчивые к SARS-CoV-2 млекопитающие оказались в нужном месте в нужное время, чтобы передать вирус людям, спровоцировав пандемию. Они и другие, включая генерального директора ВОЗ, упрекали Китай в том, что он не поделился данными о рынке в Ухане раньше.
Но критики, многие из которых подозревают, что SARS-CoV-2 мог вырваться из Уханьского института вирусологии (WIV), говорят, что новые последовательности не дают ничего нового, кроме подтверждения того, что на рынке морепродуктов продавались и млекопитающие.
Это «просто абсурд» — предполагать, что это доказательство того, что животные действительно были инфицированы SARS-CoV-2 и передали его людям, говорит специалист по вычислительной биологии Эрик ван Нимвеген. В письме, опубликованном в журнале Science в 2021 году, он и 17 других ученых, включая двух авторов нового доклада, призвали к «взвешенному рассмотрению» гипотезы об утечке вируса из лабораторий.
Несколько соавторов нового доклада опубликовали две работы в журнале Science в 2022 году, в которых возлагали ответственность за возникновение пандемии на млекопитающих, продаваемых на рынке в Ухане, подчеркивая, что это одно из всего лишь четырех мест в городе, где продавались дикие животные, восприимчивые к SARS-CoV-2. Эти выводы подкрепляются новым докладом, говорят его авторы.
«Эти аргументы резко контрастируют с отсутствием доказательств какого-либо другого пути возникновения SARS-CoV-2», — говорится в заключении доклада.
Независимо от того, как читатели оценивают важность новых данных, доклад Zenodo проясняет детали в некоторых оригинальных сообщениях СМИ и предлагает несколько новых взглядов на последние волнения по поводу происхождения COVID-19.
Как именно были найдены данные из 2020 года?
Китайские исследователи загрузили данные секвенирования своих рыночных образцов в GISAID, вирусологическую базу данных, в июне 2022 года, в поддержку препринта, который они опубликовали несколькими месяцами ранее. Первоначально данные были скрыты от других пользователей GISAID, но в январе они стали доступны. Флоранс Дебарр, эволюционный биолог из CNRS, французского национального исследовательского агентства, говорит, что она наткнулась на эти последовательности и поделилась ими с коллегами. Их анализ обнаружил доказательства наличия на рынке млекопитающих, восприимчивых к коронавирусу.
Так почему же эти генетические последовательности не обнародованы сейчас?
Через день после того, как Дебарре и его коллеги рассказали члену китайской команды о том, что они нашли, GISAID сделал данные невидимыми, очевидно, по просьбе автора.
В отчете Zenodo исследователи заявили, что их анализ «не предназначен для публикации в журнале» и не призван забить статью китайской команды, которая находится на рассмотрении в семействе журналов Nature. Как поясняется в докладе, они загрузили данные, но пока не обнародовали их, надеясь, что китайские исследователи вскоре сделают это. Тем не менее, в докладе говорится, что группа опубликовала свой отчет, потому что ученые считают, что прошло «неоправданное» количество времени без обнародования данных. «Поскольку данные были удалены из GISAID, мы не можем ими поделиться. Но я бы хотел, чтобы другие ученые могли изучить эти данные, которые очень богаты», — говорит Дебарре. «Чем больше людей будет работать с этими данными, тем больше мы сможем заставить их говорить».
Какова роль GISAID в этом?
Хранилище стало ключевым источником данных по SARS-CoV-2, помогая ученым анализировать эволюцию вариантов и другие аспекты пандемии. Но Дебарр и его коллеги в своем отчете ставят ему в вину, обвиняя его в «отклонении от заявленной миссии» по ускорению обмена вирусологическими данными. Со своей стороны, GISAID в своем первоначальном заявлении утверждал, что исследователи нарушили его соглашения о доступе, и «временно приостановил» их доступ к базе данных. Разногласия сводились к утверждению GISAID о том, что исследователи не соблюдали соглашение о доступе и «приложили максимум усилий для сотрудничества» с китайской командой.
После приостановки работы авторов отчета Майкл Воробей, эволюционный биолог из Университета Аризоны, который был одним из авторов-корреспондентов, ответил GISAID от имени команды. Он предоставил электронные письма двум китайским исследователям 11 марта, в которых его группа пыталась сотрудничать. Группа также обратилась с «многочисленными устными просьбами», написал Воробей, и отправила прямые сообщения в чате Zoom китайской группе во время встречи, организованной ВОЗ 14 марта.
В последующем электронном письме, направленном группе 22 марта, GISAID сообщила, что в качестве «проявления доброй воли» она снимет ограничения на доступ и «рассмотрит все доказательства обеих сторон».
О чем говорят генетические данные, приведенные в отчете?
Китайские исследователи, как и правительство Китая, неоднозначно относятся к тому, продавались ли млекопитающие на рынке. Новые данные, вероятно, являются самым убедительным доказательством того, что ключевые виды животных, восприимчивых к SARS-CoV-2, находились там в момент появления COVID-19. Китайская команда 2020 года, посетившая рынок, собрала 923 «образца окружающей среды» из контейнеров, поверхностей и стоков рыночных прилавков. В своем отчете Дебарре и его коллеги отмечают, что 49 из этих образцов, зараженных РНК SARS-CoV-2, также содержали митохондриальную ДНК (мтДНК), которая четко идентифицировала пять млекопитающих: обыкновенную енотовидную собаку, малайского дикобраза, амурского ежа, масковую пальмовую циветту и хохлатую бамбуковую крысу. Они также обнаружили другие ДНК, а также РНК этих млекопитающих. «Совместное присутствие вируса SARS-CoV-2 и РНК/ДНК восприимчивых животных в одних и тех же образцах, из конкретной секции рынка Хуанань, и часто в большем количестве, чем генетический материал человека, определяет эти виды, особенно обыкновенную енотовидную собаку, как наиболее вероятные проводники появления SARS-CoV-2 в конце 2019 года», — пишут авторы. Группа составила «тепловую карту», которая показывает, что плотность SARS-CoV-2 была «самой горячей» в районах рынка рядом с прилавками, где продавались млекопитающие (на заглавном фото).
Почему енотовидным собакам уделяется так много внимания?
Эксперименты показали, что SARS-CoV-2 легко заражает енотовидных собак, которых в Китае обычно разводят ради меха, но также продают на мясо на «мокрых» рынках, таких как рынок в Ухане, и что они переносят большое количество вируса. В отчете описывается обнаружение мтДНК енотовидной собаки в шести образцах из двух разных ларьков на рынке в Ухане. Образец из тележки, который дал положительный результат на SARS-CoV-2, также содержал «обильный» генетический материал енотовидной собаки. В том же образце было обнаружено гораздо меньше генетического материала человека. По словам исследователей, это позволяет предположить, но не доказывает, что енотовидная собака или собаки на тележке с большей вероятностью могли распространить вирус, чем люди, работавшие в ларьке или делавшие покупки рядом с ним. Когда они сравнили мтДНК в рыночных образцах с теми, о которых ранее сообщали другие ученые, оказалось, что наиболее близкое соответствие было получено от дикой енотовидной собаки, которая отличается от подвида, выращиваемого для получения меха. Это говорит о том, что если енотовидные собаки занесли вирус на рынок, то исследователям, изучающим происхождение COVID-19, следует обратить внимание на торговлю дикими животными в Китае, а не на меховые фермы.
Означает ли что-нибудь местонахождение генетических последовательностей на рынке?
МтДНК восприимчивых к SARS-CoV-2 млекопитающих была обнаружена в юго-западном углу рынка, который также имел «самую высокую плотность» положительных образцов SARS-CoV-2. «Теперь мы можем показать, что вероятные животные-хозяева SARS-CoV-2 действительно находились там, где мы думали, — в небольшом квадранте с самой высокой концентрацией поверхностей, на которых был обнаружен положительный вирус, и в горячей точке продажи живых млекопитающих», — говорит Воробей. Человеческая мтДНК была наиболее многочисленна в других частях рынка. Это повышает вероятность того, что животные передали вирус людям в юго-западном углу рынка за несколько недель до того, как были взяты пробы, и эти люди уже оправились от инфекции. Другие инфицированные люди на рынке при таком сценарии, скорее всего, заразились в результате передачи вируса от человека к человеку.
Что говорят другие ученые о вновь обнаруженных последовательностях?
Судя по интервью — ScienceInsider связался со всеми 18 авторами письма 2021 года, призывающего к «взвешенному рассмотрению» гипотезы о лабораторной утечке, — и реакции в социальных сетях, новые результаты убедили некоторых исследователей в том, что вероятным источником SARS-CoV-2 были животные на рынке. Но для большинства это не изменило их позицию в споре о происхождении вируса. Также остаются разногласия по поводу целесообразности анализа Дебарром и его коллегами китайских данных. Некоторые, кто согласился с генеральным директором ВОЗ в том, что китайским исследователям давно следовало поделиться данными, приветствовали попытку группы заставить раскрыть рыночные последовательности, в то время как другие поставили под сомнение этичность обсуждения данных до того, как китайская группа опубликует свою собственную работу.
Равиндра Гупта, специалист по инфекционным заболеваниям из Кембриджского университета, говорит, что доклад в сочетании со статьями в Science, написанными многими из тех же авторов, привел к изменению его мышления. «Это определенно подтолкнуло меня в сторону животного происхождения», — говорит Гупта, который все еще сомневается в близости WIV к вспышке заболевания. «Это очень убедительно с точки зрения наведения нас на мысль о животном источнике резервуара. Конечно, это ассоциация, и это не обязательно причинно-следственная связь, но я думаю, что это фантастика, чтобы увидеть это».
